トポロジカルデータ解析(Topological Data Analysis:TDA)とは、トポロジーの視点からデータの特徴を捉えて分類や定量化を行う数学的な解析手法です。
ここではTDAのライブラリを2つ紹介したいと思います。
Mapper
Mapperとは点群データからグラフを構成する手法です。
pip install kmapper
の後に
pip install python-igraph plotly ipywidgets
でインストールできます。
Ripser
点群のVietoris-Ripsフィルトレーションのパーシステントホモロジーを高速に計算するソフトウェアです。
必要に応じてnumpyを最新バージョンにアップグレードします。
pip install --upgrade numpy